相続税専門税理士の富山です。
今回は、亡くなった方のご自宅が、店舗兼住宅である場合の、相続空き家の特例の適用について、お話します。
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誰も住んでいない亡くなった方のご自宅を売却した場合の特例がある
国税庁HP・タックスアンサー（一部抜粋加工）
No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例
概要
相続または遺贈により取得した被相続人居住用家屋または被相続人居住用家屋の敷地等を、平成28年4月1日から令和9年12月31日までの間に売って、一定の要件に当てはまるときは、譲渡所得の金額から最高3,000万円（複数譲渡の場合には1人当たり2,000万円の場合有）まで控除することができます。
相続で取得した空き家（亡くなった方が住んでいたご自宅）を売却した場合には、一定の要件に該当すれば、土地を売った儲けの金額から最高3,000万円（または2,000万円）を控除することができます。
つまり、儲けの金額が2,000万円以下だったら、譲渡所得がゼロ（土地の売却に対する所得税がゼロ）になります。
亡くなった方が店舗兼住宅に住んでいた場合
亡くなった方が個人事業主だったりして、お住まいだった建物の一部に、店舗等の非居住用部分がある場合、相続空き家の特例は適用できるのでしょうか？
租税特別措置法関係通達（一部抜粋加工）
35-15 被相続人居住用家屋が店舗兼住宅等であった場合の居住用部分の判定
措置法第35条第3項第1号及び第3号に規定する被相続人居住用家屋又は同項各号に規定する被相続人居住用家屋の敷地等のうちに非居住用部分がある場合における措置法令第23条第4項各号及び第5項各号に規定する「被相続人の居住の用に供されていた部分」の判定については、当該相続の開始の直前（当該被相続人居住用家屋が対象従前居住の用に供されていた家屋である場合には、特定事由により当該家屋が被相続人の居住の用に供されなくなる直前。以下この項において同じ。）における利用状況に基づき、31の3-7に準じて判定するものとする。
この「31の3-7」（一部）を見てみます。
租税特別措置法関係通達（一部抜粋加工）
31の3-7 店舗兼住宅等の居住部分の判定
その居住の用に供している家屋のうちに居住の用以外の用に供されている部分のある家屋に係る措置法令第20条の3第2項に規定するその居住の用に供している部分及び当該家屋の敷地の用に供されている土地等のうちその居住の用に供している部分は、次により判定するものとする。
（1）当該家屋のうちその居住の用に供している部分は、次の算式により計算した面積に相当する部分とする。
「当該家屋のうちその居住の用に専ら供している部分の床面積Ａ」＋「当該家屋のうちその居住の用と居住の用以外の用とに併用されている部分の床面積」×（「Ａ」／「Ａ」＋「居住の用以外の用に専ら供されている部分の床面積」）
店舗等の非居住用部分がある場合には、上記の方法による面積按分により、居住用部分を求めることになります。
店舗等の面積の割合が低い場合
なお、これにより計算した「被相続人の居住の用に供されていた部分」の面積が当該被相続人居住用家屋又は当該被相続人居住用家屋の敷地等の面積のおおむね90％以上となるときは、31の3-8に準じて取り扱って差し支えない。
上記の方法によって計算した「居住用部分」の割合が高い（おおむね90％以上である）場合には、全体を居住用部分として特例を適用することができます。
想う相続税理士
租税特別措置法関係通達（一部抜粋加工）
31の3-8 店舗等部分の割合が低い家屋
その居住の用に供している家屋又は当該家屋の敷地の用に供されている土地等のうち31の3-7により計算したその居住の用に供している部分がそれぞれ当該家屋又は当該土地等のおおむね90％以上である場合には、当該家屋又は当該土地等の全部がその居住の用に供している部分に該当するものとして取り扱って差し支えない。
