相続税専門税理士の富山です。
今回は、「相続空き家の特例」について、お話します。
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誰も住んでいない亡くなった方のご自宅を売却した場合の特例がある
国税庁HP・タックスアンサー（一部抜粋加工）
No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例
概要
相続または遺贈により取得した被相続人居住用家屋または被相続人居住用家屋の敷地等を、平成28年4月1日から令和9年12月31日までの間に売って、一定の要件に当てはまるときは、譲渡所得の金額から最高3,000万円（複数譲渡の場合には1人当たり2,000万円の場合有）まで控除することができます。
相続で取得した空き家（亡くなった方が住んでいたご自宅）を売却した場合には、一定の要件に該当すれば、土地を売った儲けの金額から最高3,000万円（または2,000万円）を控除することができます（「相続空き家の特例」と言います）。
つまり、土地を売った儲けの金額が2,000万円以下だったら、譲渡所得がゼロ（したがって、土地の売却に対する所得税がゼロ）になります。
相続発生時から譲渡時までの要件がある
相続空き家の特例を適用するために相続発生後に気を付けるべきこととは？
亡くなった方のご自宅敷地を共有相続後に分筆して売却する場合の相続空き家の特例の注意点
上記の記事でもお話したとおり、「相続空き家の特例」の適用を受けるためには、「相続の時から譲渡の時まで事業の用、貸付けの用または居住の用に供されていたことがないこと」という要件を満たす必要があります。
相続の時点で、その他の要件（例えば、「相続開始の直前において亡くなった方以外に居住をしていた人がいなかったこと」等）を満たしているため、特例の適用を受けられる、と考えてはいけません。
譲渡するまでの間に、その空き家となった亡くなった方のご自宅に住んでしまったらアウトなのです。
適用できるか分からなくてもとりあえず適用して申告すれば損しない？
「国税庁のホームページとかを見ても、『相続空き家の特例』が適用できるかよく分からない、だから、適用できるものとして所得税の確定申告をして、ダメだったら（税務署に否認されたら）、それは元々ダメだったんだからしょうがない、やるだけやってみる」（税務署に否認され、修正申告をすることになると、特例が適用できないことにより税額が増加することで、過少申告加算税等が発生することになりますが、その負担のリスクを承知で）という戦法は有効なのでしょうか？
相続空き家の特例と取得費加算の特例は重複適用できる？
上記の記事でもお話したとおり、「相続空き家の特例」と相続税の一部が経費になる「取得費加算の特例」は重複適用できません。
「相続空き家の特例」を適用して所得税の確定申告をする、ということは、（その適用対象部分については）「取得費加算の特例」の適用をあきらめる、ということになります。
では、税務署に否認されて、「相続空き家の特例」が適用できない、ということになった場合、修正申告の際に「取得費加算の特例」を適用することはできるのでしょうか？
租税特別措置法（一部抜粋加工）
第39条 相続財産に係る譲渡所得の課税の特例
2 前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書又は修正申告書（所得税法第151条の4第1項の規定により提出するものに限る。次項において同じ。）に、前項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項の規定による譲渡所得の金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
修正申告において「取得費加算の特例」の適用が認められるのは、「所得税法第151条の4（相続により取得した有価証券等の取得費の額に変更があつた場合等の修正申告の特例）第1項の規定により提出するものに限る」とされています。
つまり、「国外転出をする場合の譲渡所得等の特例（国外転出時課税制度）」絡みの修正申告の場合に限られるのです。
ですから、「相続空き家の特例」が適用できないからといって、修正申告の際に「取得費加算の特例」を適用することはできません。
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